La Sección Tercera está presidida por la Consejera Permanente Paz Andrés Sáenz de Santa María y despacha los asuntos procedentes del Ministerio de Asuntos Exteriores, Unión Europea y Cooperación; y de Interior.
La Sección está formada por el Letrado Mayor José Luis Palma Fernández y por la letrada Elvira Pilar Gallardo Romera.