La Sección Tercera está presidida por la Consejera Permanente Paz Andrés Sáenz de Santa María y despacha los asuntos procedentes del ministerio de Asuntos Exteriores, Unión Europea y Cooperación; y del ministerio de Interior.
La Sección está formada por el Letrado Mayor José Luis Palma Fernández, por la letrada Elvira Pilar Gallardo Romera y por el letrado Emilio Román Rubio Domingo.